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代谢组+蛋白质组+转录组

系统发育学是指基因组转录成转录组,转录组翻译成蛋白质组,蛋白质控制代谢物的合成,代谢物的积累导致生物表型的出现。单独用一种组学对系统生物学进行研究,往往比较片面,整合多组学分析是目前综合分析代谢产物的最有效的方法。转录组-蛋白质组数据彼此关联,依据的是mRNA与蛋白之间的翻译关系,通过此关系将mRNA与其翻译的蛋白整合,即通过蛋白ID查找与之匹配的转录本数据。
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  1.产品简介:

  系统发育学是指基因组转录成转录组,转录组翻译成蛋白质组,蛋白质控制代谢物的合成,代谢物的积累导致生物表型的出现。单独用一种组学对系统生物学进行研究,往往比较片面,整合多组学分析是目前综合分析代谢产物的最有效的方法。转录组-蛋白质组数据彼此关联,依据的是 mRNA 与蛋白之间的翻译关系,通过此关系将 mRNA 与其翻译的蛋白整合,即通过蛋白 ID 查找与之匹配的转录本数据。蛋白与代谢

 

  2.应用领域:

   植物生长发育机制研究

  ◆ 植物生物胁迫机制研究

  ◆ 植物非生物胁迫机制研究

  ◆ 蔬果花卉色泽营养代谢研究

  ◆ 药用植物功能活性成分通路探究

  ◆ 动物遗传育种

  ◆ 动物营养品质研究

  ◆ 动物疾病研究

 

  3.技术路线:

 

技术路线

 

  4.样本要求

 

 

转录组

蛋白质组

广靶

新鲜植物组织

新鲜植物组织:≥500mg ,根:≥1000mg,果实:≥1500mg

鲜重≥1g

建议3g,最低1g

新鲜动物组织

≥300mg

≥200mg;

建议200mg,最低50mg;

细胞

≥5×106

≥5×106 或细胞沉淀不少于50μL;

建议1×107,最低1×106

 

  5.分析内容:

分析内容

  6.文章案例:

  Transcriptomic, proteomic, and metabolomic landscape of positional memory in the caudal fin of zebrafish

  多组学联合分析解析斑马鱼尾鳍位置记忆组织再生新视角

   期刊:PNAS

   影响因子:9.661

   发表时间:2017年

  方案设计:

  1. 对未受伤的斑马鱼尾鳍近端,中间和远端区域进行了RNA测序和蛋白质组学检测,筛选位置差异基因及蛋白;

  2. 质谱对未损伤尾鳍的近端,中间和远端区域进行代谢组检测,筛选位置差异代谢物;

  3. 对剪掉尾鳍0,1,3天再生鳍背侧和远侧区域进行蛋白质组检测,筛选与再生相关蛋白

  结果:

  位置记忆赋予再生组织两个关键属性。首先,离身体近端的截肢比远端截肢的再生更快。第二,新的组织是有图案的。只有损伤部位远端的结构才能再生。跨膜受体Prod1是位置记忆唯一真正的效应者。除Prod1外,小分子维甲酸(RA)也被报道为两栖类肢体位置记忆的效应物。未受伤的斑马鱼尾鳍上RNAs,蛋白质和代谢物的检测,确定了32个基因和42个代谢物的高信度列表,这些斑马鱼是位置记忆的候选效应子。

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  Rabinowitz Jeremy S,Robitaille Aaron M,Wang Yuliang et al. Transcriptomic, proteomic, and metabolomic landscape of positional memory in the caudal fin of zebrafish.[J] .Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 2017, 114: E717-E726.

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