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医学代谢服务 - 广泛靶向代谢组+重测序（mGWAS）
广泛靶向代谢组+重测序（mGWAS）

产品简介：

全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study，GWAS）已经识别了大量相关的基因组变异位点，并在实践中发现了许多关联基因，但却仅能解释遗传性的一小部分。

2013年，"高通量广泛靶向代谢组"方法的建立使得大规模代谢组学研究成为可能。随之，通过群体重测序数据结合群体代谢组数据开展的mGWAS（metabolome Genome-Wide Association Study）研究方法建立，该方法在批量、高精度、高遗传效应的基因定位以及基因功能研究中得到应用，这无疑给基因的定位及功能研究提供了新的思路。

传统表型+重测序（GWAS） 广泛靶向代谢组+重测序（mGWAS）
有助于发掘相关的基因组变异位点，但需要对大量个体样本进行重测序，同时难以发现相关的低频突变。 区别于现有代谢组检测方法，"广泛靶向代谢组"技术创造性实现了对未发现的代谢物发掘，做到了大批量、低丰度代谢物的准确定性、精确定量。mGWAS利用代谢物作为数量性状与基因组变异位点进行关联分析，在分析过程中，通常检测到的代谢物数量多（＞400种代谢物）、差异大（10-10000倍）、遗传效应高（解释超过40%变异），得到的结果因此优于传统表型性状GWAS。

 

  • 技术特点：
  • 对常见（MAF>5%）与低频突变位点（MAF= 0.5% ~5%）进行定位；
  • 发掘易感基因；
  • 寻找代谢物Biomarker；
  • 阐释重要代谢通路机制；
  • 所研相关的其他代谢通路及机制。
  • 技术路线：

 

代谢组样品要求：

1.样品类型
组织：取下后立即放入液氮中，之后-80℃保存；
血浆：采用肝素类抗凝剂抗凝后，低温离心除去血细胞的液体；
血清：血液凝固后的上清液；
尿液：需新鲜，未作任何处理；
粪便：取样，液氮速冻，液氮冷冻后-80℃保存。

2.样品浓度及需求量
每份样品取样鲜重1-3g，,血液样品至少1ml(血浆注意用肝素钠防凝),血清0.5ml,尿液2ml，小鼠尿液100ul，细胞样品为1X107个细胞，其它样本类型请咨询当地销售。

3.生物学重复：
准备10份生物学重复。

4.保存和运输：
样品请置于 1.5 ml 管或合适管中，管上注明样品名称、浓度以及制备时间，管口使用 Parafilm 封口。建议在运输前将所有样品管固定于 50 ml 带盖离心管中，再将 50 ml 管放在封口袋中。干冰运输，不能反复冻融。

重测序样品要求

1.组织样品要求
取样同代谢组

2.DNA样品要求
a.样品类型：无降解，无污染的DNA样品；
b.样品需求量：≥2μg；
c.样品浓度：≥30 ng/μl;
d.样品纯度：OD260/280=1.8-2.0。

表1  已发表的mGWAS

 

参考文献

1.Suhre K, Shin SY, Petersen AK, et al. Human metabolic individual in biomedical and pharmaceutical research. Nature, 2011, 47, 54-60.

2.Karsten Suhre, Christian Gieger. Genetic variation in metabolic phenotypes: study designs and applications. Nature, 2012, 13, 759-769.