植物样品要求

日期:2016年6月18日 19:56

代谢物积累具有时空特异性,合格的样本是准确获取样本代谢组数据的的保障,是实验和项目顺利完成的基础。迈维代谢制定基于LC-MS的代谢组取样指南(植物篇),统一使用,保障客户项目的顺利开展。 


1.迈维代谢样本操作反馈流程

 

1.适用产品

mGWAS(液质检测和建库)、代谢组+转录组(代谢组部分)、广泛靶向代谢组、类黄酮代谢组、花青素代谢组和靶向代谢物检测(特殊要求除外)。

 

2.样本量和生物学重复要求

   鲜样要求:每个样本建议鲜重≥3g最低量为1g,且样本量不超过10g以上(避免样本量太大,无法装入管子)。

   干样要求:每个样本建议干样≥1g最低量为200mg。

   生物学重复:每组样本至少3个生物学重复,以达到后续数据分析和发表文章基本要求。理论上生物学重复在一定范围内越多越好。                                                                                                              

  Tips:为了保证项目数据和结果的准确性和有效性,请严格按照以上要求提供合格样本。如果样本量和生物学重复达不到上述要求,请务必提前联系技术支持

  和销售反馈问题。

 

3.取样要求

   混合取样:取样时,为了保证样品的准确性和减少系统误差,每份样品选取3株以上长势一致的材料混样,作为第一个生物学重复,第二个生物学重复
  和第三个生物学重复类似,分别选取其余长势一致材料混合取样

  Tips:如下图2水稻水培材料,一共有3排,每排6个单株。选取第一排水稻6个单株长势一致的水稻剑叶作为一份混样,第26个单株上长势一致的剑叶作为
  第2个生物学重复,第36个单株上长势一致的剑叶作为第3个生物学重复。

图2.混合取样示意图

   地上部分(花、茎、叶等):幼嫩叶片和花瓣等组织直接取样,装进15ml或50ml离心管,较大叶片需要用剪刀快速剪碎后装入15ml50ml离心管。

   地下组织(根、块茎等):分离出样本后,快速用灭菌水清洗(若无法达到条件,用普通水代替),用吸水纸吸走多余的水分后,快速装进15ml
    或50ml离心管,如遇块根等组织,需要用工具切成1-2cm大小块状才可以装入离心管;

   果肉组织(如番茄、桃子等水果):利用工具将果肉切成1-2cm块状大小,快速装进15ml50ml离心管。

   液氮条件取样:取样后立即放入液氮速冻2min以上,之后转移到-80℃保存,避免反复冻融。

   取样工具:取样时如果用的剪子之类的工具,建议取完一个生物学重复样本样后,用灭菌ddH2O润湿的纸擦拭一下,避免样本间的污染。

        Tips:样本装入取样管后,勿挤压(尤其果肉等组织,切记勿挤压装管,避免液氮速冻后无法取出样本操作),且样本量不要超过离心管
    容积的
2/3对于果实这类较大的样本,须将组织切成1cm-2cm左右大小块状,再装入50mL离心管。

 

4.样本包装


   取样管规格:取完样后,样本必须统一使用15mL或50mL质量较好的离心管(根据样本类型、大小选择离心管规格)装入样本,推荐品

      牌:康宁离心管和其它进口离心管。

                              

   取样管要求:因为样本类型比较复杂,有叶片、果实、种子等样本类型,包括样本大小、和含水量比例差异非常高,不同样本类型取样管是否需
  要钻孔需求不一致。主要类型如下:

          ① 叶片、根等植物组织:直接按上述要求取样,然后装入钻孔的离心管中。

   取样管在取样前,需用工具(钉子等)在管壁钻8个孔径为2-3mm大小的孔。沿管壁从上至下依次钻4个孔,共计钻2排。

          ② 芝麻、花药等体积较小的样本(小于管壁孔径):取完样后,直接放进没有钻孔的离心管中,避免样本材料体积太小渗出。

          ③ 西瓜等含水量较高的样本:取完样后放入没有钻孔的离心管中,因为西瓜含水量较高,避免汁液漏出,导致样本间互相交叉污染。

  流体:取完样后,不能用钻孔的离心管装,必须用无孔的离心管。

   管壁标记要求:在管壁管盖做好标记,并填写《农学样本信息单样表》,管壁标记简单清晰,用质量比较好的记号笔记录。

 

Tips:样本做前处理过程中,需要将样本在真空冷冻干燥条件下处理5-7天(冻干时,样本中的水分会直接从固态变为气态,没有经过液态过程,冻
干后样本中代谢物稳定,利于在常温下操作检测,避免样本反复冻融)。钻孔有利于样本在冻干机中快速冻干,避免物质的降解,保证项目数据的
准确性。特别注意:流体样本(比如水培液等)提前与技术支持和销售沟通。

 

5.留样和分样

   留样说明:公司默认统一不留鲜样,如果需要留样,在《农学样本信息单样表》中按照要求填写备注。留样条件:鲜样样本量>3g以上。

   分样要求:如果一个项目做不同的产品(如转录+代谢,广靶+激素等),为保持一致性,每个样品充分混匀后分成两份,一份用于转录组
  测序,一
份用于广泛靶向代谢组分析。老师取样的同时,必须按照不同产品对应的取样要求,把样本规范分装。

  举例:2017年底实验室取了拟南芥叶片的样本,共计12管样本(4组,每组3个生物学重复),现在计划检测这些样本类黄酮代谢组和转录
  组,老师需要在液氮   条件或者干冰条件下把每管样本分装到215ml50ml离心管中(最终12管样本分装为24管样本),分别做好记录
  邮寄到公司。

 

6.样本保存与运输

    样本保存:样本-80℃保存建议不超过1年,且样本避免反复冻融(冻融3次以上样本不建议检测)

       样本运输:足量干冰运输,干冰建议用量5kg/天(根据样本运输需要时间计算)。如果有条件,长期液氮保存及运输也可。样本

       运输必须附带纸质版《农学样本信息单样表》,用于公司收样人员核对样本信息,避免样本信息不全,延缓项目周期。

 

7.特殊样本取样包装举例 

 

 

 

在相同部位切开西瓜,取中间的部分,切成条状,装入无孔的50mL离心管中。立即液氮速冻2min,之后转移-80℃保存。运输用液氮运输。

 

 

 

 

取样保持一致。研究果肉则取梨子相同部位的果肉,研究果皮则取梨子的全皮。如果果肉和果皮都取,则要保持两者所占比例在每个样本中相同。不要挤压,切成1cm左右大小,再装入无孔的50mL离心管中。立即液氮速冻2min,之后转移-80℃保存。

 

 

 

 

 

植物激素检测取样要求

          1. 样本量和生物学重复要求

  样本要求:建议鲜样(像种子等类似的干样,激素含量低有可能检测不到),每个样本建议鲜重≥1g最低量为0.6g,且样本量
  不超过10g以上(避免样本量太大,无法装入管子)。

  生物学重复:每组样本至少3个生物学重复,以达到后续数据分析和发表文章基本要求。理论上生物学重复在一定范围内越多越好。

          2. 取样要求

   取样管规格:取完样后,样本必须统一使用5mL或15mL 质量较好的离心管(根据样本类型、大小选择离心管规格)装入样本,推荐
  品牌:康宁离心管和其它   进口离心管。

   取样管要求:植物激素用鲜样检测无需冻干,所以离心管无需打孔

     注意:其它要求与其它农学代谢组产品要求一致。

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