多组学产品
Multi-omics products
转录组测序
1.产品简介：
转录组，广义上指某一生理条件下，细胞内所有转录产物的集合，包括mRNA，rRNA，tRNA以及其他non coding RNA，狭义上只mRNA 集合。
转录组测序，只利用新一代高通量测序技术，全面快速获取某一物种特地组织或器官在某一状态下的所有mRNA的序列信息。
2.应用领域：
◆ 动植物生长发育机制研究
◆ 动植物抗性及适用性机制研究
◆ 不同器官基因表达模式研究
3.技术路线：
无参考基因组转录组技术流程
有参考基因组转录组技术流程
4.技术参数：
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无参考基因组转录组测序 |
有参考基因组转录组测序 |
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样本要求 |
新鲜植物组织:≥500mg，根:≥1000mg,果实:≥1500mg,动物组织:≥300mg,细胞: ≥5×106 |
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RNA要求 |
RNA浓度：≥50 ng/ul , 总量：>3ug, RIN≧6.8 (动物)、6.3（植物、真菌）OD260/280≧1.8 |
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建库测序 |
Oligo（dT）磁珠富集mRNA，构建普通转录组文库或链特异性文库进行转录组测序 |
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测序平台 |
HiSeq X-TEN ，Novaseq |
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数据量及测序策略 |
6G,8G,10G,clean data;PE 150 |
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分析内容：
5.文章案例：
Anthocyanins accumulation and molecular analysis of correlated genes bymetabolome and transcriptome in green and purple asparaguses (Asparagusofficinalis, L.)
转录组+代谢组学解析芦笋中花青素积累的分子机制
◆ 期刊：Food Chemistry
◆ 影响因子：IF=4.946
◆ 发表时间：2018年7月
方案设计：
1. 选择绿色，紫色颜色有区别的4个芦笋品种进行花青素检测。
2. 根据花青素检测结果，挑选两个差异最大材料进行转录组检测，花青素通路差异基因分析;
3. 对紫色芦笋进行遮光处理，观察光照多芦笋颜色影响。
结果分析：
1.花青素检测：3个紫色芦笋材料花青素含量高于对照;
2.转录组分析：选择花青素检测结果中差异比较大的绿色和紫色两个品种进行转录组测序，筛选花青素合成通路差异基因，大部分基因在紫色品种显著上调;
3.转录因子家族分析及验证：对两材料转录因子进行分析，筛选了与花青素相关的差异转录因子进行qPCR验证。
4.表型验证：对紫色品种进行遮光处理，显示芦笋变成白色，说明花青素是光依赖型产物。
6.参考文献：
Dong Tingting,Han Rongpeng,Yu Jiawen et al. Anthocyanins accumulation and molecular analysis of correlated genes by metabolome and transcriptome in green and purple asparaguses (Asparagus officinalis, L.).[J] .Food Chem, 2019, 271: 18-28
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