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动植物基因组组装

基因组从头组装(denovo)是在不依赖参考基因组的情况下对某物种进行基因组测序及拼接组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱。基因组测序不仅可以获得该物种的全基因组序列图谱,同时也为后续物种起源进化及特定环境适应性的研究奠定了基础,为后续的基因挖掘、功能验证提供 DNA 序列信息。
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产品描述

 

  1.产品简介:

 

    基因组从头组装(denovo)是在不依赖参考基因组的情况下对某物种进行基因组测序及拼接组装,从而绘制该物种的全基因组序列图谱。基因组测序不仅可以获得该物种的全基因组序列图谱,同时也为后续物种起源进化及特定环境适应性的研究奠定了基础,为后续的基因挖掘、功能验证提供 DNA 序列信息。

 

  2.技术优势:

 

  ◆ 平台多样化:Nanopore/PacBio/ Illumina /BioNano//Hi-C多种平台完美搭配,提供最佳组合方案,达到最佳组装指标;

   应用范围广:基因组图谱的完成为后续基因挖掘、物种起源及进化等研究提供大量数据支撑;

  ◆ 项目经验足:多物种组装经验,为项目的顺利交付保驾护航;

  ◆ 多组学分析:基因组可以结合代谢组多组学共同解析生物学问题。

  

  3.技术路线:

 

 

  4.分析内容:

 

 

  5.参考文献

 


Chromosome-scale genome assembly provides insights into the evolution and flavor synthesis of passion fruit (Passiflora edulis Sims)

 

  • 期刊:Horticulture Rasearch
  • IF: 5.404
  • 时间:2021

 

关键词:百香果、基因组、代谢组

 

研究路线:

 

 

 
研究结果:

 

 
1、基因组学分析:百香果基因组大小为1395.76 Mb,预测23171个蛋白质编码基因。

 

 

 

 

2、比较基因组分析:百香果和其他19个物种中鉴定独特和共有的基因家族,构建系统进化树,并进行共线性分析。 

 

 

 

3、代谢组学及转录组联合分析:代谢组检测到142种代谢物,转录组得到10693个差异基因,主要参与酯和萜烯代谢通路,联合解析风味合成的潜在机制。
 

 

关键词:
基因组
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