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16S,ITS,18S扩增子

扩增子测序是对特定长度的PCR产物或者捕获片段进行测序,研究微生物多样性及群落组成和丰度差异。16S/ITS/18S扩增子测序是对样本中细菌的16S rRNA,真菌的ITS和真核生物(藻类等)的18SrRNA基因序列进行高通量测序,序列既具有保守性,又具有高变性。通过对某一段高变区序列(如16S的 V3-V4区域,ITS的ITS1区域或18S的V4区域)或全长进行PCR扩增后进行高通量测序,与数据库比对得到物种注释信息,可以了解样本中的菌群组成及丰度,以及组间差异菌群。
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产品描述

 

一、产品简介:

 

  扩增子测序是对特定长度的PCR产物或者捕获片段进行测序,研究微生物多样性及群落组成和丰度差异。16S/ITS/18S扩增子测序是对样本中细菌的16S rRNA,真菌的ITS和真核生物(藻类等)的18SrRNA基因序列进行高通量测序,序列既具有保守性,又具有高变性。通过对某一段高变区序列(如16S的 V3-V4区域,ITS的ITS1区域或18S的V4区域)或全长进行PCR扩增后进行高通量测序,与数据库比对得到物种注释信息,可以了解样本中的菌群组成及丰度,以及组间差异菌群。

 

二、技术优势:

 

  ◆ 直接对菌群样本中的微生物特征序列进行扩增检测,简单快速且性价比高,并克服了绝大部分微生物无法纯培养的难题;

  ◆ 每个样本一次性获得数万条序列,即使低丰度物种也能精确定量;

  ◆ 多种物种注释数据库可选,根据样本来源按需选择Greengenes/Silva/Unite等数据库,优化物种的分类鉴定;

  ◆ 可对菌群进行代谢功能预测,指导后续宏基因组测序研究。

  

三、技术路线:

 

扩增子测序技术路线

 

四、分析内容:

 

 

五、样本要求:

 

样本类型

建议样本量 最低样本量 生物学重复

粪便/肠道内容物

2g(小鼠6-10粒)

0.5g(小鼠2-3粒)

至少6个重复,建议10个以上,临床样本30个以上

拭子

3个

1个

瘤胃液/发酵液/组织液/冲洗液(离心有明显沉淀)

3mL,沉淀1g

1mL,沉淀0.5g

组织

1g

0.5g

关键词:
扩增子测序
微生物多样性
丰度差异
群落组成
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