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宏基因组

宏基因组学(Metagenomics),又称元基因组学,是以样本中的整个微生物群落作为研究对象,无需分离培养,直接提取样本DNA进行测序,研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等,已广泛应用于微生物领域。技术原理是将样品中的所有基因组DNA随机打断成300bp左右的小片段,在片段两端加入通用引物进行高通量测序,再通过组装的方式将小片段拼接成较长的序列,分别和物种数据库和功能数据库比对,进行微生物群落结构多样性,基因功能,代谢通路等分析,从而进一步发掘和研究具有应用价值的功能基因及通路。
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  1.产品简介:

 

  宏基因组学(Metagenomics),又称元基因组学,是以样本中的整个微生物群落作为研究对象,无需分离培养,直接提取样本DNA进行测序,研究环境微生物的群落结构、物种分类、系统进化、基因功能及代谢网络等,已广泛应用于微生物领域。技术原理是将样品中的所有基因组DNA随机打断成300bp左右的小片段,在片段两端加入通用引物进行高通量测序,再通过组装的方式将小片段拼接成较长的序列,分别和物种数据库和功能数据库比对,进行微生物群落结构多样性,基因功能,代谢通路等分析,从而进一步发掘和研究具有应用价值的功能基因及通路。

 

  2.技术优势:

 

  ◆ 直接对菌群样本中的基因片段进行测序,真实再现菌群复杂而精密的生态功能;

  ◆ 多种功能注释数据库可选,根据研究需求选择KEGG/EggNOG/CAZy/NR/Swiss-Prot/VFDB/CARD等数据库,最优化宏基因组功能注释;

  ◆ 通过微生物基因信息精确识别物种来源,获取种以及种以下水平的“高分辨率”物种精细组成谱;

  ◆ 通过多种多变量统计分析和机器学习方法,系统、深入地挖掘宏基因组大数据中差异相关的关键物种和关键功能,精确识别关键生物标记物。

  

  3.技术路线:

 

宏基因组技术路线

 

  4.分析内容:

 

 

  5.样本要求:

 

样本类型

建议样本量 最低样本量 生物学重复

粪便/肠道内容物

2g(小鼠6-10粒)

0.5g(小鼠2-3粒)

至少3个重复,建议6-10个以上,临床样本30个以上

拭子

5-10个

3个

瘤胃液/发酵液/组织液/冲洗液(离心有明显沉淀)

3-5mL,沉淀1g

1mL,沉淀0.5g

组织

1g

0.5g

 

关键词:
元基因组
宏基因组
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