10x Genomics 3'端单细胞转录组
1. 技术原理
10x Genomics创新性结合液滴微流控和磁珠(Gel bead)技术,可以针对单个细胞完成转录组学的测定。Gel bead由凝胶珠和磁珠上的一段引物构成,引物序列构成依次为:全长Illumina TruSeq Read 1 测序引物、16nt 10X Barcode序列(每个Gel bead的10X Barcode均不相同,形成GEM(Gel Beads-in-emulsion)后用于区分细胞)、12 nt unique molecular identifier (UMI) (区分同一细胞的不同转录本并去除PCR Duplications,实现绝对定量)、30 nt poly dT反转录引物。
制备好的细胞悬液、10X barcode凝胶磁珠和油滴分别加入到不同小室,经由微流体“双十字”交叉系统形成GEM。单个GEM依次形成后再全部混合,细胞裂解,凝胶珠自动溶解释放大量引物序列;释放的引物中包含30nt poly dT反转录引物,带有polyA的RNA被反转录为带有10X Barcode和UMI信息的cDNA一链,再完成二链合成;油滴破碎,磁珠纯化cDNA一链,然后PCR扩增cDNA;cDNA扩增完成后酶切片段化并磁珠筛选最适片段,通过末端修复、加A、加接头构建测序文库后进行高通量测序。
2. 检测流程
3. 技术优势
4. 分析内容
5. 应用方向
6. 文章案例
Infiltrating Plasma Cells Maintain Glioblastoma Stem Cells through IgG-Tumor Binding
期刊:Cancer Cell 技术方法:10x Genomics单细胞转录组 发表时间:2025.1.2
研究结论:浆细胞在胶质母细胞瘤浸润性B系细胞群中异常富集,体细胞超突变水平低,并与预后不良相关。浆细胞分泌免疫球蛋白G(IgG),通过IgG-FcγRIIA-AKT-mTOR刺激GSC增殖。阻断IgG-FcγRIIA通信可抑制GSC的增殖和自我更新。 胶质母细胞瘤浸润性浆细胞通过CCL2-CCR2趋化因子程序从外周淋巴组织招募到GSC的微环境中。FcγRIIA是一个有前景的治疗靶点,具有增强现有靶向疗法疗效的潜力。
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