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LncRNA测序

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产品描述

 

1.产品概述

LncRNA(long non-coding RNAs)又称为长链非编码RNA,是一类长度大于200nt但不编码蛋白质的RNAs,广泛存在于动植物中。它们曾长期被误认为是遗传暗物质,但近些年研究证实这类RNAs在生物的生命活动过程中起着重要的调控作用。LncRNA测序是研究已有参考基因组的物种的特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有LncRNA和mRNA的研究方法。

 

2.应用领域:

◆ 细胞分化和发育研究

◆ 调控机理研究

◆ 疾病标志物查找

◆ 疾病分子诊断

◆ 基因药物研发

 

3.技术路线

4.研究内容

 

5.技术参数

 

(1)样本要求

新鲜动物组织≥0.5g

新鲜培养细胞:≥1×107

新采集的全血:≥8ml

PAXgene 采血管:3

RNA要求:

样品浓度:≥100 ng/ul

样品体积:>10ul

样品总量:>3ug

样品纯度:RIN≧6.8 (动物)、6(植物、真菌),OD260/280≧1.8,OD260/OD230≧1

 

(2)测序策略:PE150

(3)推荐数据量:12G以上

(4)测序平台:Novaseq

 

6.案例分析

RAD51-dependent recruitment of TERRA lncRNA to telomeres through R-loops

RAD51-依赖性通路通过R-loops将TERRA lncRNA募集到端粒

期刊:Nature

IF:42.778发表时间:2020.10

研究结论

端粒重复,非编码核苷酸基序及其相关联的蛋白存在于真核染色体的末端,介导基因组稳定性和决定细胞寿命端粒重复RNA (telomer- repeat-containing RNA, TERRA)是一种长链非编码RNA (long non - coding RNAs, lncRNAs),是从染色体末端转录而来这些RNA反过来通过端粒酶(负责端粒延伸的酶)和同源介导的DNA修复来调节端粒染色质结构和端粒维持。但是TERRA被招募到染色体末端的机制仍然不清楚。本实验中作何开发了开发了一个报告系统来剖析潜在的机制,并表明TERRA的UUAGGG重复序列对于将TERRA靶向到染色体末端是必要的和足够的TERRA通过形成端粒DNA-RNA杂交(R-loop)结构可以形成反式优先与短端粒结合端粒结合和R-loop结构会导致端粒易碎,重组酶RAD51及其相互作用的伴侣BRCA2可促进这一作用,但可被RNA监控因子RNaseH1和TRF1所抵消。RAD51在体外与TERRA相互作用并催化R-loop的形成,表明该DNA重组酶通过链入侵直接参与了对TERRA的募集。总之,我们的研究结果揭示了一个RAD51依赖的通路,该通路调控TERRA介导的转录后R-loop的形成,为lncrna在trans中的新位点招募提供了一种机制。总之,本研究结果揭示了RAD51依赖性通路,该通路可控制转录后TERRA介导的R-loop的形成,在转录中招募lncrna到新的位点提供了一种机制。

图1 RAD51与TERRA结合并催化R-loop的形成

参考文献

Feretzaki Marianna,Pospisilova Michaela,Valador Fernandes Rita et al. RAD51-dependent recruitment of TERRA lncRNA to telomeres through R-loops.[J] .Nature, 2020, 587: 303-308.

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