Small RNA测序
Small RNA测序
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产品编号
所属分类
高通量测序
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关键词:
mirna
研究
调控
rna
基因
网络
细胞
发现
small
1
产品描述
产品简介：
Small RNA：又称为小RNA,包括microRNA,siRNA,piRNA三类，属于非编码RNA。Small RNA测序一般收集样本中18-40nt的片段进行测序分析，研究特定组织在特定状态下的所有已知Small RNA,也可以发现新的Small RNA并预测其靶基因。
项目流程：
分析结果展示：
sRNA长度分布统计
sRNA在参考基因组上的分布
差异miRNA雷达图
差异miRNA靶基因调控网络
差异miRNA靶基因KEGG富集散点图
研究领域：
- 基因表达调控研究；
- 非编码 RNA 的发现和功能研究
- 疾病发生机制研究
- 疾病诊断标志物的筛选
- 药物研发和疗效监测
- 植物品种改良
- 动物育种和疾病防控
技术参数:
研究思路：
期刊：Advanced Science；IF：14.3/Q1；发表时间：2025.1；研究单位：北京大学
该研究对拟南芥进行ABA处理，得到时间序列的RNA-seq、小RNA-seq和单细胞RNA-seq数据，并利用收集的转录因子结合位点与miRNA-靶基因数据，构建了ABA胁迫响应的时间序列mRNA、miRNA、和pri-miRNA转录图谱。研究发现，miRNA的响应比目标基因表达动态更为迅速，且在叶肉细胞和维管细胞中具有高度的细胞类型特异性。通过鉴定调控网络中的miRNA-TF-mRNA调控模块，发现含有miRNA的前馈循环（M-FFLs）在调控网络中具有更高的共表达和聚类系数值，表明miRNA在调控网络中的核心作用。文章还发现细胞类型特异性的M-FFLs主要由核心miRNA而非转录因子调控，如miR858a-FBH3-MYB模块在维管细胞中特异性抑制MYB63和MYB20的表达。该研究为深入理解miRNA在植物生长发育和环境响应中的调控机制提供了重要见解，有助于揭示miRNA在植物应对ABA胁迫过程中的精细调控网络，为提高植物抗逆性提供了潜在的靶点和策略。
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