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转录组测序

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产品描述

1.产品概述

转录组,广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括mRNA,rRNA,tRNA以及其他non coding RNA,狭义上                    mRNA 集合。

转录组测序利用高通量测序技术,全面快速获取某一物种特定组织或器官在某一状态下的所有mRNA的序列信息。

2.应用领域:

 

◆ 肿瘤的发生发展机制

◆ 复杂疾病的分子机制

◆ 药物作用靶点及机制研究

◆ 胚胎发育研究

◆ 环境毒理研究

 

3.技术路线

 

4.研究内容

 

师德师风

5.技术参数

 

(1)样本要求

新鲜动物组织≥0.3g

新鲜培养细胞:≥5×106

新采集的全血:5ml

PAXgene 采血管:2

RNA要求:

样品浓度:≥50 ng/ul

样品体积:>10ul

样品总量:>2ug

样品纯度:RIN≧6.5 (动物)、6(植物、真菌),OD260/280≧1.8,OD260/OD230≧1

(2)测序策略:PE150

(3)推荐数据量:6G以上

(4)测序平台:Novaseq,MGIseq2000

 

6.案例分析

SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival

SHQ1调节的RNA剪切对急性淋巴细胞白血病细胞的存活率是非常必要的

期刊:Nature Communication  IF:12.121

发表时间:2018.10研究单位:武汉大学

研究结论

急性淋巴细胞白血病(T-ALL)是一种恶性侵袭性血液肿瘤,本研究发现SHQ1在T-ALL中高度表达,SHQ1缺失会诱导T-ALL细胞的死亡,增加动物存活率。为阐释具体作用机制,作者利用RNA-seq发现缺失SHQ1会影响RNA的正常剪接,而MYC也会因剪接效率低而显著下调,相应地过表达MYC可显著挽救SHQ1失活引起的T-ALL细胞死亡。

之前研究表明MYC是NOTCH1下游重要的靶基因, 但NOTCH1调控MYC的机制尚不清楚。本研究发现在T-ALL中NOTCH1能结合SHQ1的启动子区域激活SHQ1表达,进而调控MYC表达。综上所述,本研究不仅发现了SHQ1在RNA剪接和肿瘤发生中的作用,也阐明了NOTCH1–SHQ1–MYC调控通路,为 MYC基因的表达调控提供了新的见解。

 

图1.SHQ1的缺失影响pre-mRNA的剪接效率

 

参考文献

Su Hexiu,Hu Juncheng,Huang Liang et al. SHQ1 regulation of RNA splicing is required for T-lymphoblastic leukemia cell survival.[J] .Nat Commun, 2018, 9: 4281.

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