全转录组测序

1.产品概述

全转录组，广义层面上的全转录组指细胞中能转录出的所有RNA的综合；狭义层面指mRNA以及具有调控功能的非编码RNA。针对非编码RNA的研究主要集中在具有调控作用small RNA（比如miRNA）、长非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）和环状RNA（circle RNA, circRNA）。

全转录组测序，可同时对同一样本中具有编码功能的mRNA和具有调控功能的非编码RNA（non-coding RNA, ncRNA）包括small RNA（以miRNA为代表），长链非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）和环状RNA（circular RNA, circRNA）进行测序，并对这四者之间复杂的相互作用关系进行分析。

2.应用领域

◆ 细胞分化和生长发育研究

◆ 调控机理研究

◆ 动植物抗性及适用性机制研究

3.技术路线

4.技术参数

（1）样本要求

新鲜动物组织：≥0.8g

新鲜培养细胞：≥5×10⁷个

新采集的全血：≥10ml

PAXgene 采血管：≥5管

RNA要求：

样品浓度：≥150 ng/ul

样品体积：>15ul

样品总量：>5ug

样品纯度：RIN≧6.8 (动物)、6（植物、真菌），OD260/280≧1.8，OD260/OD230≧1

（2）测序策略：mRNA+LncRNA+CircRNA：PE150；Small RNA：SE50

（3）推荐数据量：12G+10M

（4）测序平台：Novaseq

5.案例分析

miR-185 Inhibits Fibrogenic Activation of Hepatic Stellate Cells and Prevents Liver Fibrosis

miR-185抑制肝星状细胞的纤维化激活，防止肝纤维化

期刊：Mol Ther Nucleic Acids

IF：5.919发表时间：2018.03

研究单位：北京地坛医院

研究结论

近年来的研究表明microRNAs对星状细胞的激活和转化有一定的作用，这在肝纤维化的发病机制中是必不可少的。本研究总作者探索了miR-185在肝纤维化中的作用。采用Illumina HiSeq测序法检测乙肝病毒相关肝纤维化患者(S2/3, n = 10)的血浆miR-185，并选择健康志愿者(n = 8)作为对照组。发现纤维化患者的血浆miR-185水平显著下调。ccl4诱导的小鼠肝脏纤维化组织和tgfb1激活的星状细胞中，miR-185下调，RHEB和RICTOR表达增加。为了探究其相关性，我们在LX-2细胞中瞬时转染miR-185模拟物。a-SMA、I型胶原和III型胶原的表达水平以及RHEB和RICTOR的表达水平降低。抑制内源性miR-185增加了纤维形成活性。此外，双荧光素酶报告基因检测表明，miR-185通过直接靶向RHEB和RICTOR的30个utr抑制其表达。此外，沉默RHEB和RICTOR抑制了a-SMA和胶原蛋白的表达水平。总之，miR-185通过抑制RHEB和RICTOR来抑制星状细胞的激活，从而阻止肝纤维化的发生。这些结果为miR-185抗纤维化作用的机制提供了新的见解。

图1.ccl4诱导的小鼠肝纤维化下调miR-185，上调RHEB和RICTOR

参考文献

Zhou Li,Liu Shunai,Han Ming et al. miR-185 Inhibits Fibrogenic Activation of Hepatic Stellate Cells and Prevents Liver Fibrosis.[J] .Mol Ther Nucleic Acids, 2018, 10: 91-102.