
产品介绍
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1.产品概述
全转录组,广义层面上的全转录组指细胞中能转录出的所有RNA的综合;狭义层面指mRNA以及具有调控功能的非编码RNA。针对非编码RNA的研究主要集中在具有调控作用small RNA(比如miRNA)、长非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和环状RNA(circle RNA, circRNA)。
全转录组测序,可同时对同一样本中具有编码功能的mRNA和具有调控功能的非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA)包括small RNA(以miRNA为代表),长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和环状RNA(circular RNA, circRNA)进行测序,并对这四者之间复杂的相互作用关系进行分析。
2.应用领域
◆ 细胞分化和生长发育研究
◆ 调控机理研究
◆ 动植物抗性及适用性机制研究
3.技术路线
4.技术参数
(1)样本要求
新鲜动物组织:≥0.8g
新鲜培养细胞:≥5×107个
新采集的全血:≥10ml
PAXgene 采血管:≥5管
RNA要求:
样品浓度:≥150 ng/ul
样品体积:>15ul
样品总量:>5ug
样品纯度:RIN≧6.8 (动物)、6(植物、真菌),OD260/280≧1.8,OD260/OD230≧1
(2)测序策略:mRNA+LncRNA+CircRNA:PE150;Small RNA:SE50
(3)推荐数据量:12G+10M
(4)测序平台:Novaseq
5.案例分析
miR-185 Inhibits Fibrogenic Activation of Hepatic Stellate Cells and Prevents Liver Fibrosis
miR-185抑制肝星状细胞的纤维化激活,防止肝纤维化
期刊:Mol Ther Nucleic Acids
IF:5.919发表时间:2018.03
研究单位:北京地坛医院
研究结论
近年来的研究表明microRNAs对星状细胞的激活和转化有一定的作用,这在肝纤维化的发病机制中是必不可少的。本研究总作者探索了miR-185在肝纤维化中的作用。采用Illumina HiSeq测序法检测乙肝病毒相关肝纤维化患者(S2/3, n = 10)的血浆miR-185,并选择健康志愿者(n = 8)作为对照组。发现纤维化患者的血浆miR-185水平显著下调。ccl4诱导的小鼠肝脏纤维化组织和tgfb1激活的星状细胞中,miR-185下调,RHEB和RICTOR表达增加。为了探究其相关性,我们在LX-2细胞中瞬时转染miR-185模拟物。a-SMA、I型胶原和III型胶原的表达水平以及RHEB和RICTOR的表达水平降低。抑制内源性miR-185增加了纤维形成活性。此外,双荧光素酶报告基因检测表明,miR-185通过直接靶向RHEB和RICTOR的30个utr抑制其表达。此外,沉默RHEB和RICTOR抑制了a-SMA和胶原蛋白的表达水平。总之,miR-185通过抑制RHEB和RICTOR来抑制星状细胞的激活,从而阻止肝纤维化的发生。这些结果为miR-185抗纤维化作用的机制提供了新的见解。
图1.ccl4诱导的小鼠肝纤维化下调miR-185,上调RHEB和RICTOR
参考文献
Zhou Li,Liu Shunai,Han Ming et al. miR-185 Inhibits Fibrogenic Activation of Hepatic Stellate Cells and Prevents Liver Fibrosis.[J] .Mol Ther Nucleic Acids, 2018, 10: 91-102.
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