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LncRNA测序

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技术路线
样本要求
文章案例

  1.产品简介:

 

  LncRNA(long non-coding RNAs):又称为长链非编码RNA,是一类长度大于200nt但不编码蛋白质的RNAs,广泛存在于动植物中。它们曾长期被误认为是遗传暗物质,但近些年研究证实这类RNAs在生物的生命活动过程中起着重要的调控作用。LncRNA测序是研究已有参考基因组的物种的特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有LncRNA和mRNA的研究方法。

 

  2.技术优势:

 

  ◆ 细胞分化和生长发育研究

   调控机理研究

  ◆ 动植物抗性及适用性机制研究

  

  3.技术路线:

 

 

  4.分析内容:

 

  5.技术参数

(1)样本要求
植物组织:
新鲜植物组织:≥800mg,根:≥1200mg,果实:≥2000mg
RNA要求:
样品浓度:≥50 ng/ul 
样品体积:>10ul 
样品总量:>3ug 
样品纯度:RIN≧6.8 (动物)、6(植物、真菌),OD260/280≧1.8,OD260/OD230≧1
(2)测序策略:PE150
(3)推荐数据量:12G以上
(4)测序平台:Novaseq

    6.案例解析
 

关键词:LncRNA,花青素,苹果
Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during light-induced anthocyanin accumulation in apple fruit
苹果光诱导花青素积累过程中表达的长链非编码RNA的系统鉴定
期刊:Plant Journal
IF:6.141发表时间:2019.7
研究单位:中国农业大学

研究结论
在不同的光照条件下,通过不同的调控机制调控花青素的积累,在白光和蓝光的处理下,苹果通过调控LncRNA MLNC3.2和MLNC4.6的表达竞争性的结合miR156a,从而保证SPL转录因子的正常表达,保证与MdMYB1的结合形成复合物促进花青素相关基因的表达。该文章利用代谢组学数据(花青素含量检测)以及LncRNA和miRNA的测定,最终确定了在白光光照条件下苹果积累花青素的机制,为之后其他物种中研究颜色积累的机制提供参考。

参考文献
Yang T , Ma H , Zhang J , et al. Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during light‐induced anthocyanin accumulation in apple fruit[J]. The Plant Journal, 2019.
 

 

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