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全转录组测序

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样本要求
文章案例

  1.产品简介:

 

全转录组,广义层面上的全转录组指细胞中能转录出的所有RNA的综合;狭义层面指mRNA以及具有调控功能的非编码RNA。针对非编码RNA的研究主要集中在具有调控作用small RNA(比如miRNA)、长非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和环状RNA(circle RNA, circRNA)。
全转录组测序,可同时对同一样本中具有编码功能的mRNA和具有调控功能的非编码RNA(non-coding RNA, ncRNA)包括small RNA(以miRNA为代表),长链非编码RNA(long non-coding RNA, lncRNA)和环状RNA(circular RNA, circRNA)进行测序,并对这四者之间复杂的相互作用关系进行分析。

 

  2.技术优势:

 

  ◆ 细胞分化和生长发育研究

   调控机理研究

  ◆ 动植物抗性及适用性机制研究

  

  3.技术路线:

 

 

  4.分析内容:

 

  5.技术参数

(1)样本要求
植物组织:
新鲜植物组织:≥1g,根:≥1.5g,果实:≥2g
RNA要求:
样品浓度:≥50 ng/ul 
样品体积:>10ul 
样品总量:>3ug 
样品纯度:RIN≧6.8 (动物)、6(植物、真菌),OD260/280≧1.8,OD260/OD230≧1
(2)测序策略:mRNA+LncRNA+CircRNA:PE150;Small RNA:SE50
(3)推荐数据量:12G+10M
(4)测序平台:Novaseq

    6.案例解析
 

关键词:全转录组,盐胁迫,高粱
Comparative Transcriptome Analysis Reveals New lncRNAs Responding to Salt Stress in Sweet Sorghum
比较转录组分析揭示甜高粱中响应盐胁迫新LncRNA
期刊:Front. Bioeng. Biotechnol.
IF:5.9发表时间:2020.04
研究单位:山东师范大学
研究结论
长链非编码RNA (Long non-coding RNAs, lncRNAs)可以通过调节功能基因的表达来增强植物的抗逆性。甜高粱是一种耐盐的能源作物。然而,我们对甜高粱中的LncRNAs如何应对盐胁迫知之甚少。在本研究中,作者分别在耐盐材料M-81E和盐敏感材料Roma中鉴定出126和133个差异表达lncRNAs。盐胁迫诱导了M-81E中的3个新LncRNAs,并抑制了Roma中的2个新LncRNAs。这些LncRNAs包括LncRNA13472、LncRNA11310、lncRNA2846、lncRNA26929和lncRNA14798,它们可能作为竞争性内源性RNA (ceRNAs),通过调控与离子运输、蛋白质修饰、转录调控以及物质合成和运输相关的靶基因的表达,影响植物对盐胁迫的响应。此外,M-81E具有比Roma更复杂的ceRNA网络。这项研究提供了关于LncRNA和甜高粱盐胁迫反应的复杂调控网络的新信息。

 

参考文献
Sun X , Zheng H , Li J L , et al. Comparative Transcriptome Analysis Reveals New lncRNAs Responding to Salt Stress in Sweet Sorghum[J]. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2020, 8:331.

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