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SmallRNA测序

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技术路线
样本要求
文章案例

    1.产品简介:

 Small RNA :又称为小RNA,包括microRNA,siRNA,piRNA三类,属于非编码RNA。Small RNA测序一般手机样本中18-40nt的片段进行测序分析,研究特定组织在特定状态下的所有已知smallRNA,也可以发现新的smallRNA并预测其靶基因。

 

  2.应用领域:

  ◆ 动植物生长发育机制研究

  ◆ 动植物抗性及适用性机制研究

  ◆ 不同器官基因表达模式研究

 

  3.技术路线:

  4.技术参数:

(1)样本要求
植物组织:
新鲜植物组织:≥800mg,根:≥1200mg,果实:≥2000mg
RNA要求:
样品浓度:≥50 ng/ul 
样品体积:>10ul 
样品总量:>3ug 
样品纯度:RIN≧6.8 (动物)、6(植物、真菌),OD260/280≧1.8,OD260/OD230≧1
(2)测序策略:SE50
(3)推荐数据量:10M
(4)测序平台:Novaseq

 

 5.案例分析:

关键词:小RNA,高温胁迫,雄性不育,棉花
microRNAs involved in auxin signalling modulate male sterility under high temperature stress in cotton (Gossypium hirsutum)
小RNA参与生长素信号调节棉花高温胁迫下的雄性不育
期刊:Plant Journal
IF:5.9发表时间:2017
研究单位:华中农业大学
研究结论
长期高温(HT)胁迫导致棉花的雄性不育,最终导致作物减产。为探究HT胁迫下miRNA表达在棉花雄性不育中的分子作用机理,该研究在常温(NT)和高温(HT)条件下,对HT不敏感(84021)和HT敏感(H05)棉花品种的花药进行小RNA及降解组测序,该研究结果揭示了miR160、miRNA156等参与调控的植物激素代谢通路,对棉花在高温胁迫下花粉生殖发育有重要作用,此项研究将为未来作物提高作物产量及推广温敏核不育在杂交育种的应用有重要意义。

 

 

参考文献
 Ding Y, Ma Y, Liu N, et al. microRNAs involved in auxin signalling modulate male sterility under high temperature stress in cotton (Gossypium hirsutum). Plant J. 2017 Jun 21. doi: 10.1111/tpj.13620.

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