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核酸修饰检测

1 摘要   DNA/RNA修饰是表观遗传修饰的重要层面,指的是在DNA、RNA碱基A\T\C\G\U及核糖上的各种修饰。目前己发现的DNA修饰有十几种,而RNA修饰有100多种,其中甲基化修饰占大部分,目前研究也较为普遍 ,并且可能具有重要生物调控作用。
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  1、摘要

  DNA/RNA修饰是表观遗传修饰的重要层面,指的是在DNA、RNA碱基A\T\C\G\U及核糖上的各种修饰。目前己发现的DNA修饰有十几种,而RNA修饰有100多种,其中甲基化修饰占大部分,目前研究也较为普遍 ,并且可能具有重要生物调控作用。

  

 

  2、检测列表

  迈维代谢建立了一种基于LC-MS/MS平台的核酸修饰分析方法,绝对定量4类DNA修饰:5-甲基-2’-脱氧胞苷(5-mdC)、5-羟甲基-2’-脱氧胞苷(5-hmdC)、5-甲酰基-2’-脱氧胞苷(5-fdC)、N6-甲基-2’-脱氧腺苷(6-mdA)和6类RNA修饰:5-甲基胞嘧啶(5-mC)、N6-腺苷酸甲基化(m6A)、2′-氧甲基胞嘧啶(Cm)、2′-氧甲基尿嘧啶(Um)、2′-氧甲基鸟嘌呤(Gm)、2′-氧甲基腺嘌呤(Am),为表观遗传研究提供理想的技术平台。

  

 

  3、技术路线

  液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)能够很好的检测到极性高、稳定性差的化合物,并能够对物质进行精确的定量。基于LC-MS/MS的分析方法主要在核苷水平上对DNA修饰进行检测,因此在分析前需将待测的DNA样品酶解为核苷。DNA修饰分析流程如下图。

  

 

  4、样本准备

  

DNA修饰检测

修饰类型

DNA质量(μg)

DNA浓度(ng/μL)

5-mdC、5-hmdC、6-mdA

>4

>50

5-fdC

>10-20

>100

注:DNA溶解在超纯水中,260/280在1.8左右;260/230大于1.8。

RNA修饰检测

修饰类型

RNA质量(μg)

RNA浓度(ng/μL)

m6A

>0.1

>10

m5C

>0.5

>10

m6A、m5C

>0.5

>10

Am、Gm、Cm、Um

>1

>10

 

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