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核酸修饰检测
1、摘要
DNA/RNA修饰是表观遗传修饰的重要层面，指的是在DNA、RNA碱基A\T\C\G\U及核糖上的各种修饰。目前己发现的DNA修饰有十几种，而RNA修饰有100多种，其中甲基化修饰占大部分，目前研究也较为普遍 ，并且可能具有重要生物调控作用。
2、检测列表
迈维代谢建立了一种基于LC-MS/MS平台的核酸修饰分析方法，绝对定量4类DNA修饰：5-甲基-2’-脱氧胞苷(5-mdC)、5-羟甲基-2’-脱氧胞苷(5-hmdC)、5-甲酰基-2’-脱氧胞苷(5-fdC)、N6-甲基-2’-脱氧腺苷(6-mdA)和6类RNA修饰：5-甲基胞嘧啶(5-mC)、N6-腺苷酸甲基化(m6A)、2′-氧甲基胞嘧啶(Cm)、2′-氧甲基尿嘧啶(Um)、2′-氧甲基鸟嘌呤(Gm)、2′-氧甲基腺嘌呤(Am)，为表观遗传研究提供理想的技术平台。
3、技术路线
液相色谱串联质谱(LC-MS/MS)能够很好的检测到极性高、稳定性差的化合物，并能够对物质进行精确的定量。基于LC-MS/MS的分析方法主要在核苷水平上对DNA修饰进行检测，因此在分析前需将待测的DNA样品酶解为核苷。DNA修饰分析流程如下图。
4、样本准备
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DNA修饰检测 |
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修饰类型 |
DNA质量（μg） |
DNA浓度（ng/μL） |
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5-mdC、5-hmdC、6-mdA |
>4 |
>50 |
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5-fdC |
>10-20 |
>100 |
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注：DNA溶解在超纯水中，260/280在1.8左右；260/230大于1.8。 |
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RNA修饰检测 |
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修饰类型 |
RNA质量（μg） |
RNA浓度（ng/μL） |
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m6A |
>0.1 |
>10 |
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m5C |
>0.5 |
>10 |
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m6A、m5C |
>0.5 |
>10 |
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Am、Gm、Cm、Um |
>1 |
>10 |
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