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代谢组+重测序联合分析

全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是指利用基因组学重测序技术获取数以百万计的SNP为分子遗传标记,与表型数据进行联合分析,从中筛选出与疾病相关的SNP,发现影响复杂性状的基因变异。
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  全基因组关联分析(Genome-wide association study,GWAS)是指利用基因组学重测序技术获取数以百万计的SNP为分子遗传标记,与表型数据进行联合分析,从中筛选出与疾病相关的SNP,发现影响复杂性状的基因变异。

  GWAS已经识别了大量相关的基因组变异位点,并在实践中发现了许多关联基因,但却仅能解释遗传性状的一小部分,因表型获取的数据有限,且大部分不能量化,大大局限了GWAS在基因定位和功能研究上的应用。

  2013年,高通量的“广泛靶向代谢组”方法的建立使得准确定性定量的大队列代谢组学研究成为可能。群体重测序数据结合群体代谢组数据开展的mGWAS(metabolome Genome-wide association study,mGWAS)研究方法的建立,为大批量、高精度、高遗传效应的基因定位以及基因功能研究提供了新的思路。

  与GWAS相比,mGWAS以代谢物替代表型,可获得更多、可量化的数据,广泛靶向代谢组技术联合基因组重测序技术,在数据挖掘上有明显优势:

 

特点

GWAS
传统表型+重测序

mGWAS
广泛靶向代谢/脂质组+重测序

表型数量

数据量大

定量

大多不能量化

可以定量

定位的未知SNP

假阳性率

定位的准确性

 

  技术路线:

 

时代发生的发

 

  样本要求:

  代谢组学样本要求:

  1.血清/血浆:200ul/sample,液氮速冻后-80℃保存。

  2.组织/粪便:200mg/sample,液氮速冻后-80℃保存

  3.细胞:≥1×107/sample,液氮速冻后-80℃保存

  注:干冰寄送;避免反复冻融;尽量避免溶血。

  重测序样本要求:

  1. 组织样本,≥300 mg,液氮速冻后-80℃保存;

  2. 血液样本,新鲜的全血≥2ml;

  3. DNA样本要求

  类型:无降解、无污染的DNA样品

  需要量:≥2ug;

  浓度:≥30ng/ul;

  纯度:OD260/280=1.8-2.0

 

  研究思路:

  Genetic Regulation of Plasma Lipid Species and Their Association with Metabolic Phenotypes

  期刊名: cell systems(2018);IF:8.982

  1.实验设计分组/构建实验模型;

  2.脂质组学和基因组学的检测分析,获取小鼠血浆的脂质信息和基因组数据;

  3.脂质与表型关联分析找到与表型密切关联的代谢物;

  4.脂质组与基因组关联分析筛选脂质调控基因;

  5.在NAFLD小鼠模型以及NAFLD患病人群中验证TAG与脂肪肝的相关性。

 

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